Le Storie Agostiniane si sviluppano sulla volta e sulle tre pareti dell'abside della chiesa, ricoprendo per intero le superfici del vano. La successione degli episodi - delimitati da eleganti cornici con cosmatesche, girali fioriti ed altri motivi ornamentali - prevede il seguente ordine di lettura: a) vele, iniziando da quella a cornu evangelii e procedendo in senso orario; b) pareti, da quella a cornu evangelii, a quella di fondo, per finire a quella a cornu epistulae, registro per registro, dal più alto al più basso. Riportiamo di seguito i soggetti delle singole scene, nonché il testo delle iscrizioni rimaste, la cui lettura è basata sia sull'osservazione diretta che sulla trascrizione eseguita nel 1914 da Pio Cenci. Nella porzione apicale delle vele, attorno alla chiave di volta in cui è probabilmente scritto "alpha [et Omega, Principium et Finis]", sono raffigurati i simboli dei quattro evangelisti: L'angelo per San Matteo (nel cartiglio in mano all'angelo: "est ho[mo] matre d[eu]s i(n)dicat esse Maptheus"; il leone per San Marco (nel cartiglio ai piedi del leone: "Munere clamoris [f]it Marchus i[n] [modo] leonis"; l'aquila per San Giovanni (nel cartiglio ai piedi dell'aquila: "[...] Traxvola(n)t alas aves [pervenit ad] asta Joh[anne]s"; il bue per San Luca (nel cartiglio alla base del bue: "[Gemi(n)u(m)] [L]ucas curat [quand]um pi(n)ge(n)d[...] figuras"). Il soggetto principale delle vele è invece rappresentato dai primi episodi delle storie agostiniane: 1 Agostino è condotto a scuola da Santa Monica ("hic mater augustini mictebat eum ad scolas"); 2 Agostino apprende le arti liberali ("hic augustinus audiebat doctore(m) suum lege(n)tem / [et disce(n)tem] settem artes liberales"); 3 Agostino insegna retorica a Cartagine ("hic augustinus ut doctor docet [...] / qualibet scie(n)tia(m) ut ip(s)i volu(n)t adiscere"); 4a Sogno di Santa Monica ("hic mat(er) sup(er) linea(m) dormiebat aparuit ei a(n)g(e)l(u)s dice(n)s esto secu(r)a q(ui)a ubi tu ibi ille"); 4c Santa Monica consolata da un vescovo ("h(ic) m(a)t(er) ag(usti)ni cu(m) lac(ri)mis rogabat s(an)c(tu)m ep(iscopu)m ut p(re)ces suas p(ro) filio suo po(r)r[i]ge(r)et ille sibi dixit vade retro secura / Quia i(m)possibile e(st) ut filiu(s) ta(n)tar(um) lac(r)imar(um) pereat"); Facciamo notare come in corrispondenza della vela verso valle sono presenti due fori nella muratura interpretabili come quelli per il passaggio delle corde delle campane (quest'ultime forse ospitate in una campanile a vela ora non più esistente). Sulle pareti del coro continuano le storie agostiniane: 5 Agostino lascia Cartagine per mare ("hic agustinus recessit de / [cartagine] et [venit romam]"; 6 Agostino arriva a Ostia ("hic agustin(us) Receptus est honoriffice / a[...] romani [...]"); 7 Agostino insegna Retorica a Roma; arrivo degli ambasciatori da Milano ("hic agustin(us) legebat philoçofi[am] Romanis /hic a[m]basiatore(s) de mediolano [veniu(n)t] romam"); 8 Agostino lascia Roma; 9 Agostino incontra i notabili milanesi ("hic Agustinus [...]Mediolanen[...]"); 10 Agostino e Alipio ascoltano Sant'Ambrogio che predica; 11 Agostino parla con Sant'Ambrogio; 12a Agostino visita Simpliciano ("hic Aug(ustinus)[...] [simpliciano] [p(ro] cont[...]"); 12b Il Tolle Lege; 12c Annuncio della conversione a Santa Monica; 13a 13b Battesimo e vestizione di Sant'Agostino (Ambrogio e Agostino si scambiano le parole "te deu(m) laudam(us) / te d(omi)n(um) co(n)fite(mur)"; 14 Morte di Santa Monica (["Hic s(an)c(tu)s (?) augustinus perdidit matrem apud ostia(m)"]); 15 Sant'Agostino ritorna a Cartagine ("hic fr(atre)s [augustinus] recede(r)e (?) Roma ap[(p)u(l)it] cartaginem"); 16 Sant'Agostino ordinato presbitero da San Valerio ("hic fr(atre)s aug(ustinus) ordinat(ur) [i(n)] prespiter(um) a s(an)c(t)o vale(r)io [ep(iscop)o])"; 17 Sant'Agostino dà la Regola; 18 Consacrazione episcopale di Sant'Agostino ("[Hic s(an)c(tu)s (?) augustinus ordinatur episcopus a s(an)c(tu)s] Valerio ep(iscop)o"); 19a Visione di San Girolamo e San Giovanni il Battista; 19b Sant'Agostino di fronte alla Trinità ("[hic] oste(n)dit s(an)c(t)o augustino Trinitas [p(er)sona]rum [divin]arum"); 20 Sant' Agostino confuta gli eretici (["Hic s(an)c(tu)s aug(ustinus) sup(er)avit septa(m) manicheorum"]); 21 Morte di Sant'Agostino; 22 Funerali di Sant'Agostino; 23 Traslazione delle reliquie di Sant'Agostino per mare; 24 Traslazione delle reliquie di Sant'Agostino a Pavia; 25 Sant'Agostino libera i prigionieri ("[...] miraculu(m) s(an)c(t)i augustini [in civitate] papie").