Secondo il Calvi la prima pietra della chiesa degli Agostiniani di Bergamo sarebbe stata posta dal Vescovo Bernardo Bernardi nel 1290 e consacrata nel 1347. Tuttavia la costruzione della nuova chiesa dovette certamente avvenire su una più antica, perché elementi architettonici precedenti a quella data, inseriti nel nuovo complesso, sono venuti alla luce durante i restauri e i rimaneggiamenti degli ultimi tempi. Il Tiraboschi afferma che attorno all’anno Mille vi era in quel luogo una chiesa dedicata ai SS. Giacomo e Filippo. Queste notizie ci fanno supporre che gli Agostiniani fossero giunti a Bergamo qualche decennio prima del 1290 ed avessero occupato, come avveniva spesso, una chiesa già esistente. Non è da escludere, anche se non ci sono documenti che lo attestino, che fosse una fondazione dei Giamboniti, già presenti in parecchie città della Lombardia, prima della Grande Unione del 1256. La peste nera che desolò l’Europa e lo scisma d’occidente (1378-1449) portarono l’Ordine a una grave decadenza. Con l’avvento della Congregazione di Lombardia il convento di Bergamo conobbe il periodo d’oro della sua storia. Racconta il Calvi che quando nel 1443 i primi frati Osservanti giunsero a Bergamo, trovarono che il convento era quasi tutto distrutto da un incendio e rapinato di tutte le suppellettili; e che la chiesa era in uno stato di abbandono tale che sotto l’altare maggiore una lupa coi suoi lupacchiotti vi aveva fatto la tana. Certamente si tratta di una esagerazione del Calvi, che fa da contrappunto allo splendore che il convento aveva assunto al tempo in cui scriveva. Furono figli di questo convento Iacopo Calepio, Paolo Lolmo e Iacopo Filippo Foresti.