Nella prima metà del sec. XIII, in un tempo che non mi é stato possibile precisare, ma che può oscillare tra il 1230 ed il 1250, si stabilì a Milano una comunità di Giamboniti che fissò la sua dimora in un luogo dedicato a S . Marco, "dentro le mura, ma fuori del giro del fiume o Naviglio". Il più antico documento conservato nell'Archivio di Stato di Milano è un testamento fatto nel mese di giugno, anno 1250, da una Signora chiamata Isabella Villate, la quale lascia "fratribus de S.to Marcho" cinque lire terziole "pro remedio et mercede anime sue". Gli scrittori milanesi moderni, ispirandosi ad antiche cronache e alle testimonianze di antichi scrittori, sono concordi nell’ammettere che nel 1254, nel mese di marzo, fu posta la prima pietra per la fabbrica di una nuova chiesa, in sostituzione di un’altra più piccola già esistente, ed é quella che, benchè molte volte rifatta e riformata, esiste tuttora. Nel 1256, quando nel mese di luglio ebbe luogo l'unione dell’Ordine dei poveri Cattolici, che occupavano a Milano un Convento sotto l’invocazione di S. Agostino, fu a S. Marco che essi passarono a risiedere, mentre il loro convento fu occupato dai Frati di S. Marco. Da quel tempo fino alla soppressione dei Frati avvenuta nel sec. XIX, questo convento é stato sempre in possesso dell’Ordine.