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Il convento, probabilmente originario del XIII secolo, fu ricostruito in parte nel XVI secolo, danneggiato in un terremoto alla fine del XVIII secolo e quindi ancora ricostruito, rimase tuttavia incompleto a seguito dell'arrivo delle truppe napoleoniche.
Nel 1280 e nel 1318 si tennero nella chiesa due Capitoli generali dell'Ordine agostiniano.

Carlo Valdameri

L. Tonini, Rimini dopo il Mille, Bruno Ghigi Editore, Rimini, 1975, pp. 45 e ss. ; AA.VV.,  Il trecento riminese in Sant'Agostino a Rimini, Società Editrice «Il Ponte vecchio», Cesena.

La chiesa è documentata sin dal 1069 in un atto del 17 gennaio nel quale Pietro di Benno donò «Petri Damiani anachorita, eiusque Mon. S. Gregori in Conca», con molte altre cose, «partem meam de Ecclesia cui vocatum est Sancti Ioannis Evangeliste...in civitate Arimini». Poi la chiesa è citata come parrocchia nel 1144 ed in un documento del 1249.
Il 5 dicembre 1256 fu formalmente concessa dal Vescovo di Rimini ai Padri Eremitani di Sant'Agostino, i quali, tuttavia, dovevano già essere presenti in città da diversi anni.
Nel 1257 gli Agostiniani ottennero contributi per l'edificazione di una nuova chiesa che era già stata iniziata «opere sontuoso».Il tempio, che all'esterno complessivamente mantiene le caratteristiche duecentesche, fu modificata agli inizi del XVII secolo e poi nel secolo successivo.

Carlo Valdameri

L. Tonini, Rimini dopo il Mille, Bruno Ghigi Editore, Rimini, 1975, pp. 45 e ss. ; AA.VV., Il trecento riminese in Sant'Agostino a Rimini, Società Editrice «Il Ponte vecchio», Cesena.