Tra il 1572 e il 1600 gli agostiniani di Sardegna aprirono due nuove case: il convento di Scolca e quello di Pozzomaggiore. Nel 1601 il visitatore apostolico Antonio Marzen ordinò la chiusura di ambedue i conventi per i seguenti motivi: "Per star il convento di Scolca male in ordine assieme con quello di santo Girolamo di Pozzo maggiore si comanda conforme al comandamento di N. S. Clemente VIII che la chiesa si disfaccia et la robba et beni di detti conventi si applichino al convento di Santo Agostino di Alguier e di S. Agostino di Sassari dell’istesso Ordine et la chiesa del convento di Scolca sarà resa all’ordinario". Per il convento di Scolca questo provvedimento fu definitivo, mentre per il convento di Pozzomaggiore le cose andarono probabilmente in questo modo: gli agostiniani chiusero il primitivo convento, ma ne aprirono un altro nello stesso centro alcuni anni più tardi, non più con il titolo di S. Girolamo, bensì di S. Antonio Abate. Il convento di Pozzomaggiore non era ancora stato ripristinato nel 1602, quando venne edito il "Catalogus Conventuum O. E. S. Augustini tempore Hippolyti Fabriani".