Gli agostiniani arrivarono in Alghero prima del 1518. In un primo tempo si stabilirono presso la chiesa di S. Maria degli Angeli, ma per breve tempo, giacché furono costretti da cause di forza maggiore a lasciare sia la chiesa che la casa religiosa per le necessità della città. Più tardi, certamente dopo il 1526, ottennero una nuova chiesa, del titolo di S. Rocco e S. Sebastiano, più lontano dall’abitato cittadino e in aperta campagna. Negli atti ufficiali della provincia di Sardegna il convento manterrà sino all’ultimo il titolo di S. Sebastiano, anche se per gli algheresi divenne presto "S. Agustì nou" (S. Agostino nuovo), per distinguerlo dalla prima fondazione conosciuta come "S. Agustì vell" (S. Agostino vecchio). Il convento algherese fu nell’isola il terzo per importanza e numero di religiosi, oltretutto possedeva un consistente numero di appezzamenti di terreno, case e lasciti vari. I libri di spesa del convento si chiudono al 31 luglio 1855 con la firma dell’ufficiale regio incaricato dell’incameramento dei beni. L’edificio venne dapprima adibito a carcere, poi, dal 1885, venduto dal Demanio al Comune di Alghero per farne un lazzaretto. Oggi, dopo aggiunte, ampliamenti e rifacimenti, è diventato la "Casa di riposo S. Agostino" per la cura e l’assistenza delle persone anziane. Sulla fondazione del convento algherese un ottimo studio è quello di Antonio Nughes, Chiesa e società nel XVI sec., Alghero 1990.