Il convento di S. Gimiliano di Samassi venne fondato tra il 1551 e il 1555, stando almeno alla testimonianza dello storico sardo Goffredo Casalis. Al momento della separazione dei conventi di Spagna da quelli di Sardegna nel 1572, i conventi dell’isola sono solo 4: Cagliari, Sassari, Alghero e Samassi. Nel manoscritto n. 958, c. 14, della Biblioteca Angelica di Roma è contenuto un "Index Conventuum ordinis S. Augustini" del XVI sec., dove è chiaramente indicato il momento della separazione, con i conventi spagnoli che vengono barrati alla voce "Provincia di Sardegna", mentre vengono lasciati in evidenza i soli conventi sardi: i 4 di cui sopra, appunto. La chiesa di S. Gimiliano di Samassi, caso unico per gli Agostiniani di Sardegna, fu per un certo periodo parrocchia. Il convento fu soppresso con la Legge Rattazzi del 29 maggio 1855.