L’originaria chiesa si trovava poco più a nord dell’attuale, che fu costruita nel 1436. L’anno della fondazione del primo insediamento è sconosciuto; i frati di Monterubbiano sono menzionati nel 1254, mentre il convento è documentato come già esistente nel breve di papa Clemente IV, datato 20 giugno 1266. Il pontefice ordinò agli Eremitani di Sant’Agostino di Monterubbiano di desistere dal costruire il loro convento dentro lo spazio di 300 canne dal convento dei frati Minori. Soppresso nel 1654, il convento riprese una funzione intermittente in seguito alle rimostranze della popolazione fino a tutto il Settecento. All’inizio dell’Ottocento la chiesa fu ricostruita su progetto dell’architetto comasco Pietro Augustoni, autore anche del progetto della chiesa di Sant’Agostino a Santa Vittoria in Matenano. Nuovamente soppresso nel 1810, fu acquistato dai conti Fanelli di Ancona che, trasformatolo in abitazione privata, vi dimorarono fino agli inizi del Novecento. L’autorità vescovile trasferì nella chiesa la parrocchia dei Santi Giovanni Battista ed Evangelista. Né la chiesa né il convento conservano nulla delle origini. 
Le forme architettoniche, frutto della ricostruzione del primo Ottocento, ricalcano quelle che la chiesa dovette avere nel XVIII secolo. Il materiale costruttivo è il laterizio, la facciata è a capanna semplice con timpano triangolare. Il campanile presenta una terminazione orizzontale con aggiunto un tiburio ottagonale. L’interno, ad aula unica con altari laterali in spessore di muro e le consuete decorazioni a stucco, è scandito sulle pareti da paraste poco aggettanti con capitelli dorati a cornice dalle forme pseudo-corinzie su cui imposta una trabeazione classicheggiante che fascia l’intero perimetro; il presbiterio è sopraelevato e concluso da un’abside semicircolare; la copertura è a volta a botte lunettata con cupola impostata su pennacchi angolari. 
Attorno al 1925 fu aggiunta nella parete sinistra della chiesa una cappella dedicata a san Nicola da Tolentino, realizzata per iniziativa del preposto monsignor Marzetti, che fece eseguire anche tutte le decorazioni interne dell’edificio religioso, progettate dall’architetto Carlo Calzecchi-Onesti; dell’esecuzione di alcuni affreschi con soggetti sacri fu invece incaricato il pittore barese Antonio Lanave, autore della quasi totalità del corpus pittorico che decora la chiesa. Tra le opere d’arte presenti, da notare una tela di Ubaldo Ricci (ante 1729) raffigurante la Visitazione con san Nicola do Tolentino e il beato Giovanni Nepomuceno; inoltre, una riproduzione di un quadro di Van Dyck ad Anversa del Sant’Agostino in estasi eseguita dallo stesso Lanave. Lo stesso artista eseguì nel 1939 i quadri sulle pareti laterali.

Paolo Cruciani