La storia di questo monastero comincia agli inizi del lontano 1600, quando la cittadinanza di Frascati sentiva la necessità di crearlo, giacchè le loro figlie erano costrette ad entrare nei monasteri di Roma e a portare doti ingenti. Una vedova facoltosa e nobile, Tarquinia Battaglino, lasciò nel 1606 tutti i suoi averi ad un monastero da erigere; tuttavia quel lascito fu insufficiente. Il card. Baronio donò il terreno, ma occorsero degli anni prima che si procedesse alla costruzione. Il card. di Frascati Andrea Baroni-Peretti (1627-'29), nella sua relazione dopo la visita pastorale nel 1627, scrisse che «il Monastero di S. Flavia Domitilla M. non è ancora ultimato». Solo nel 1642 due monache agostiniane, provenienti dal Monastero di Santa Maria delle Vergini in Roma, diedero vita alla nuova comunità di Frascati di S. Flavia Domitilla. Nel 1644 contava 16 monache, comprese le due provenienti da Roma, senza contare novizie e aspiranti. Nel dicembre 1648 le monache di Roma ritornarono nella loro sede d’origine. La comunità di S. Flavia Domitilla visse sotto la custodia dei cardinali di Frascati. Tra questi ricordiamo il card. Edoardo Benedetto duca di York (1761–1803), mentre era superiora Sr. Enrica Luisa Cesarini, nipote del suo fidato collaboratore, il canonico, poi vescovo di Cileni in Partibus, Mons. Angelo Cesarini. La comunità soffrì molto per le lotte con i Francesi, che occuparono lo Stato Pontificio e nel 1798 entrarono a Frascati. C’è da annotare ancora Sr. Maria Giovanna, che fu superiora della comunità, sorella del card. di Frascati Ludovico Micara, religioso cappuccino, che guidò la diocesi di Frascati dal 1837 al 1844. Nel periodo in cui era vescovo il card. Satolli (1904–1910), «a causa delle leggi eversive successive all’unità d’Italia il monastero fu indemaniato, le monache Agostiniane che custodivano il convento e la chiesa di S. Flavia Domitilla M., furono espulse, allora, il card. Satolli, prima che s’iniziasse ad abbattere tutto il complesso, dette ordine di smontare e trasportare nella chiesa cattedrale non solo gli arredi sacri, le reliquie, le lapidi, ma anche tutti i quadri, alcuni dei quali di valore, che ornavano gli altari». Siamo all’inizio dell’anno 1906 e la comunità agostiniana di S. Flavia Domitilla, guidata da sr. Maddalena Curti, era composta da 22 monache. Le monache chiesero di essere accolte nel monastero agostiniano di S. Chiara della Croce a Montefalco (Pg), ma la cosa non fu possibile. Trovarono alloggio nel monastero che era stato delle benedettine a Bevagna, intitolato a S. Margherita V. M. Il 23 novembre 1906 le monache agostiniane acquistarono formalmente il Monastero di S. Margherita. Questo monastero benedettino fu fondato nel 1271 per iniziativa di Margherita Taddei, sostenuta dal Beato Giacomo Bianconi, OP. Conobbe cambiamenti d’ubicazione e di regola, accettando quella benedettina nel 1271. Nel 1628, con la collaborazione del vescovo Mons. Lorenzo Castrucci, le monache iniziarono la costruzione di una nuova chiesa. Il 26 settembre del 1627 furono portate a S. Margherita le reliquie di S. Filippo Neri, che ebbe subito grande venerazione di popolo. Nel 1660 furono donate dal card. Facchinetti le reliquie di S. Angelico, un martire romano dodicenne molto venerato. A questi due santi sono intitolati i due altari laterali nella Chiesa di S. Margherita. Nel 1665, su istanza di sr. Battista (Bevagna 1607–1687), fu ideato nel monastero un luogo di pietà chiamato Scala Santa. Nel 1904 le poche monache benedettine rimaste furono riunite con quelle dell’attiguo monastero benedettino di S. Maria del Monte, arrivando le monache agostiniane di Frascati il 6 febbraio 1906.